La leggenda riporta che, nel lontano 1284, si tenne la battaglia della Meloria che vide fronteggiarsi le due potentissime repubblica marinare di Genova e Pisa. Quest'ultima fu sconfitta e i marinai pisani, fatti prigionieri, vennero caricati sulle galee genovesi. Nel viaggio verso la città della lanterna, furono sorprese da una tremenda quanto improvvisa tempesta che allagò le stive di una galea in cui erano stati imbarcati diversi sacchi di farina di ceci e alcuni barili d’olio; fu così che la farina si mescolò e con l’olio e con l’acqua di mare. L’impasto che ne era derivato divenne l’unico cibo disponibile per gli imbarcati che inizialmente lo rifiutarono per l'aspetto repellente. Dopo alcuni giorni spinti dalla fame ed essendo l’unico alimento possibile, mangiarono da quelle scodelle  dentro le quali il composto si era tramutato in una specie di "frittella" piuttosto gustosa.

E cosi era nata la cecina pisana o, come ebbero a dire i Genovesi in dispregio dei pisani prigionieri: l’oro di Pisa in riferimento anche al colore dorato che la farinata aveva assunto.

Altri sostengono che abbia origine dalla farinata ligure che, peraltro, nella zona della Lunigiana si chiama ancora con questo nome. Se scendiamo lungo la costa, verso Carrara, la chiamano 'Calda, calda', che poi è certamente il modo migliore per gustarla. A Livorno diventa la torta o il '5 e 5', che sta per '5 lire di Cecina e 5 lire di schiacciata', mentre in Versilia e nel Pisano resta semplicemente 'la Cecina'.